Иоанн Пригоровский родился 4 января 1875 года в семье пономаря Черниговской епархии. 

В 1897 году получил образование в Черниговской духовной семинарии. 
28 февраля 1898 года был рукоположен во диакона ко храму пророка Божия Илии в станице Незамаевская Кубанской области. 
19 мая 1898 года рукоположен во священника к церкви хутора Кугоейского той же области и назначен заведующим и законоучителем церковноприходской школы хутора. 
С 1898 по 1903 год заведовал открытой им вечерней школой для взрослых и учительствовал в ней. 
6 июня 1903 года переведен служить в Ставропольскую губернию в храм Святого Духа в станице Шкуринской, был назначен заведующим и приходской школы станицы и законоучителем двух училищ Министерства народного просвещения. 
17 августа 1916 года возвратился служить настоятелем в храм пророка Илии станицы Незамаевской. 
Год спустя иерей Иоанн открыто выражал приверженность старому строю и сохранению Православной веры в России, а cын его, напротив, ушел в отряд большевиков. 
Очевидица событий последнего дня жизни отца Иоанна вспоминает: «Была Пасха, шла служба. Батюшка Иоанн читал проповедь. Народу было очень много. Вдруг на территорию церкви верхом на лошадях въехали красные. Под крики и плач прихожан они скрутили батюшку и выволокли его на церковную площадь, жестоко избили, изуродовали ему лицо, выкололи глаза, отрезали язык, уши и окровавленного вытащили за околицу и бросили в навозную яму». 
Тело священника тайно было перевезено в Екатеринодар и захоронено на Всесвятском кладбище. 
На следующий день станицу заняли белые. Они решили отомстить за мученическую смерть отца Иоанна. И не нашли ничего разумнее, чем казнить его родного сына. Юношу прилюдно жестоко избили, прикрутили к столбу и выжгли каленым прутом на его спине пятиконечную звезду. Юный Пригоровский скончался. 
Матушка с дочерьми в великом горе после этих событий навсегда покинула Незамаевскую. 
20 октября 2010 года Архиерейским собором Русской Православной Церкви священномученик Иоанн Пригоровский был канонизирован.